北京大学 基础医学院 医学生物信息学系

研究员、长聘副教授 博士生导师

研究方向：

    RNA调控生物信息学

通讯地址：北京市海淀区学院路38号 邮编：100191

Email: zhouyuanbioinfo@hsc.pku.edu.cn

教育经历：

2006年9月-2010年7月 首都师范大学生物科学专业 获理学学士

2010年9月-2015年7月 中国农业大学生物信息学专业 获理学博士

工作经历：

2015年7月-2017年9月 北京大学医学部基础医学院医学信息学系 博士后

2017年9月-至今 北京大学医学部基础医学院医学生物信息学系 历任副研究员、研究员

个人简介：

主要研究方向为RNA调控生物信息学。先后开发了TAM2.0、PACES、GE-Impute、Celloc等多个生物信息学方法工具，累计使用超过40万次。建立TransmiR v2.0与HMDD v3.0数据库，在数据库分享与评价网站Database Commons所收录的全球5861个生物学数据库中，两个数据库影响力得分分别位列前10%和前5%。进一步应用生物信息学方法技术，探究miRNA性别偏好表达、二甲双胍对健康个体的潜在作用与风险、癌症胚系基因组模式特征及心脏疾病的免疫细胞浸润特征等生物医学问题。近五年以第一或通讯作者身份（含共同）在Nucleic Acids Research，Nature Computational Science，Genome Biology， Briefings in Bioinformatics， Advanced Science等国内外领域主流期刊发表SCI论文60余篇。据Web of Science，累计SCI引用超过5100次（他引超4900次），ESI高被引论文累计3篇，H-index=34，获国自然优青项目（2023年-2025年）资助。

主持科研项目：

   1.单细胞m6A甲基化调控靶点的计算挖掘方法开发及其在NK，32570789，国家自然科学基金面上项目，2026/01-2029/12，50万元，在研，主持

   2.基于人工智能的空间组学分析方法开发，BMU2025YXXLHAIYX022，北京大学“医学+X”领航计划-人工智能与医学发展专项，2025/01-2026/12，75万元，项目负责人，在研

   3.RNA调控的生物信息学，32222020，国家自然科学基金优秀青年项目，2023/01-2025/12，200万元，结题，主持

   4.基于功能读出的m6A甲基化关键靶基因的计算筛选及其在巨噬细胞极化研究中的应用，32070658，国家自然科学基金面上项目，2021/01-2024/12，58万元，结题，主持    

   5.基于上下文的RNA甲基化(m6A)谱的比较分析，31801099，国家自然科学基金青年项目，2019/01-2021/12，25万元，结题，主持

学术兼职：

1. 中国生物工程学会人工智能与生物技术专业委员会委员

2. 国际计算生物学学会中国理事会（ISCB-China）理事

3. Frontiers in Genetics，Associate Editor

4. Biology，编委

5. Cardiovascular Innovations and Applications，青年编委

代表性论文：

1. Yuan Zhou#,*, Pan Zeng, Yan-Hui Li, Ziding Zhang, Qinghua Cui*. SRAMP: prediction of mammalian N6-methyladenosine (m6A) sites based on sequence-derived features. Nucleic Acids Research, 2016,44(10):e91. [ESI高被引论文]

2. Zhan Tong#, Qinghua Cui, Juan Wang*, Yuan Zhou*. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Research, 2019, 47(D1):D253-D258. [ESI高被引论文]

3. Zhou Huang#, Jiangcheng Shi#, Yuanxu Gao#, Chunmei Cui, Shan Zhang, Jianwei Li*, Yuan Zhou*, Qinghua Cui*. HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Research, 2019, 47(D1):D1013-D1017. [ESI高被引论文]

4. Wang Yin#, Qin Peng#, Fanyi Meng, You Wan, Weilong Zhang*, Yuan Zhou*. HESpotEx: a dual-stream deep learning framework for spot-level gene expression prediction from histological images. Nature Computational Science, 2026, https://doi.org/10.1038/s43588-026-00992-0.

5. Zhou Huang#; Rucong Liu#; Zibaguli Wubulikasimu#; Wanqing Zhao#; Jiaqi Huang; Jiaxuan Wang; Tianyuan Zhang; Rui Fan; Wei Kong; Qinghua Cui; Yang Li*; Yuan Zhou*. Comprehensive Profiling of N6-methyladnosine (m6A) Readouts Reveals Novel m6A Readers that Regulate Human Embryonic Stem Cell Differentiation. Advanced Science, 13(18):e10075.

6. Huai Pang, Linshu Wang, Yang Li*, Yuan Zhou*. Deep learning model and omics screening highlight angiotensinogen as a 5-methylcytosine (m5C) regulated mediator of tumor-microenvironment communication in liver cancer. Frontiers in Immunology, 17:1752802.

7. Wang Yin, Xiaobin Wu, Linxi Chen, You Wan, Yuan Zhou*. Accurate and Flexible Single Cell to Spatial Transcriptome Mapping with Celloc. Small Science, 2024, 4(10): 2400139.

8. Rucong Liu#, Zibaguli Wubulikasimu#, Runze Cai, Fanyi Meng, Qinghua Cui, Yuan Zhou*,Yang Li* NAT10-mediated N4-acetylcytidine mRNA modification regulates self-renewal in human embryonic stem cells. Nucleic Acids Research, 2023, 51(16): 8514-8531.

9. Xiaobin Wu#, Yuan Zhou*. GE-Impute: graph embedding-based imputation for single-cell RNA-seq data. Briefings in Bioinformatics, 2022, bbac313.

10. Zhou Huang#, Leibo Liu#, Jiangcheng Shi, Qinghua Cui, Jianwei Li*, Yuan Zhou*. Benchmark of computational methods for predicting microRNA-disease associations. Genome Biology, 2019, 20(1):202.